Villardiga como la mayoría de los municipios de esta comarca comparten una historia común donde pueblos como los vacceos y los romanos dejaron amplia huella de su paso por estas tierras. De hecho, los primeros vestigios que se han encontrado pertenecen a la época de los vacceos como lo atestiguan los hallazgos encontrados en el Teso de los Ladrillos entre los que se encuentra una necrópolis

Pero, quizás, su pasado más significativo sea a partir del siglo X cuando Villardiga es un municipio feudatario del Monasterio de Villacete de Belver de los Montes, de está época proviene su denominación. En los siglos XII y XIII pasa a ser propiedad de la Encomienda Templaria de Villalpando a los que pertenecerá hasta la desaparición de la Orden a mediados del siglo siguiente. Tras este hecho pasa a pertenecer a Arnao de Solier que era Señor de Villalpando que se lo donó posteriormente en el siglo XIV a Bernard de Bartes

A lo largo de los siglos la villa ha estado bajo el poder de diferentes señores y a integrarse dentro de las denominadas Provincias del Condestable. Tras la pérdida de la condestabilía pasa a formar parte de León. Es en 1858 cuando pasa a pertenecer íntegramente a la provincia de Zamora 

Villardiga es conocida como tal desde el siglo XII como «Villa Ardega» que indicaba que era una villa que se encontraba en la ribera del riachuelo cenagoso